این مرکز به وسیله شورای حکام آن به عنوان مهمترین و بالاترین مرجع تصمیم گیری بر اساس موافقتنامه مورد تایید کنفرانس عمومی یونسکو هدایت و نظارت می شود. وظایف اصلی شورای حکام عبارتند از:

• تصویب برنامه میان مدت و بلند مدت مرکز؛
• تصویب برنامه کاری سالانه مرکز؛
• تصویب قوانین و مقررات و تعیین مراحل مالی / اداری برای مرکز؛
• تصمیم درباره مشارکت سازمان های بین دولتی و بین المللی منطقه ای در امور مرکز؛
• بررسی های دوره ای گزارش حسابرسی از صورت های مالی مرکز.

شورای حکام باید در جلسه هایی با فواصل منظم دیدار کنند. این شورا به درخواست رئیس، مدیر کل یونسکو یا یک سوم از اعضای آن به علاوه یک نفر، جلسه فوق العاده خود را برگزار می نماید. شورای حکام تابع قوانینی است که در اولین نشست اعضای شورای حکام تصویب شدند. اعضای این شورا، وزرای کشورهای ایران (رئیس)، افغانستان، ارمنستان، بحرین، بنگلادش، مصر، آلمان، هند، کویت، لبنان، عمان، پاکستان، سوریه، تاجیکستان و یمن و همچنین نماینده مدیر کل یونسکو و چندین سازمان بین المللی دیگر در طول دوره از سال 2002 تا 2017 بوده اند.

مرکز منطقه ای مدیریت آب شهری مایل به دعوت از کشورهای عضو و اعضای وابسته یونسکو برای پیوستن به شورای حکام مرکز است تا با همکاری در پیشبرد اهداف مرکز مشارکت نمایند. کشورهای عضو حاضر، که مایل به شرکت در فعالیت های مرکز می باشند، باید مراتب را به اطلاع این مرکز برسانند.