مرکز توسط شورای حکام خود به عنوان بالاترین نهاد تصمیم گیری خود و در بالا ترین سطح هدایت و نظارت می شود. این امر بر اساس موافقت نامه ای که در مجمع عمومی یونسکو تایید شده است، انجام می گیرد.

وظایف عمده شورای حکام عبارتند از:

• تایید برنامه های میان مدت و بلند مدت مرکز
• تایید برنامه سالانه مرکز
• وفق دادن قوانین و مقررات و تعیین نمودن رویه های مالی / اداری مرکز
• تصمیم گیری در مورد عضویت سازمان های منطقه ای بین الدولی و بین المللی در کار های مرکز
• آزمودن گزارش های دوره ای مستقل داوری در مورد امور مالی مرکز

شورای حکام بایستی به صورت مرتب در دوره های ثابت همدیگر را ملاقات نمایند. آنها می توانند در دوره های خارج از حالت معمولی نیزدر صورت برنامه ریزی رئیس شورای حکام چه با تصمیم گیری خود او یادرخواست دبیر کل یونسکو یا یک سوم به علاوه یکی از اعضاء با یکدیگر ملاقات نمایند. شورای حکام رویه قانونی خود را که در اولین اجلاس در خصوص آن تصمیم گیری شده است را دنبال خواهد کرد. اعضای شورای حکام وزیرانی از کشورهای ایران (رئیس)، افغانستان، ارمنستان، آذربایجان، بنگلادش، مصر، آلمان، هند، عراق، لبنان، عمان، پاکستان، سویس، سوریه، تاجیکستان و ترکیه می باشند.

RCUWM علاقه مند است که عضویت کشورها و اعضای مرتبط یونسکو  را تشویق نماید تا در شورای حکام این مرکز عضو شوند و امیدوار است که در پروژه ها و برنامه های مرکز مشارکت داشته باشند. اعضایی که مایلند در پروژه ها و برنامه های مرکز مشارکت نمایند کافی است با ارسال یک ایمیل مرکز را در جریان بگذارند.